Remerciements
On ne se lance pas dans une thèse dans le seul but d’en écrire les remerciements. C’est peut être un tort tant l’occasion est belle d’en profiter pour exprimer sa gratitude à tous ceux qui la méritent sans que l’on pense toujours à le leur dire. Je vais donc essayer de remercier tous ceux qui occupent mon esprit à l’heure où j’écris ces lignes, d’un bout à l’autre du spectre, de ceux sans qui cette thèse n’aurait pas été la même à ceux sans qui je serais bien différent.
Merci tout d’abord aux membres du jury, Denis Thieffry, Émilie Lanoy, et en particulier aux rapporteurs Adeline Leclerq-Samson et Lodewyk Wessels, d’avoir accepté d’évaluer ce travail, contribuant ainsi à le rendre plus enrichissant pour moi. Merci également aux membres de mes comités de suivi de thèse Benno Schwikowski, Mélanie Prague et Xavier Paoletti pour leur regard extérieur et leurs remarques pertinentes et constructives.
Mes remerciements suivants, à la fois professionnels et personnels vont à Laurence, Aurélien et Emmanuel pour avoir supervisé cette thèse en m’orientant sans me diriger, dans un juste équilibre d’encadrement et de liberté, chacun suivant ses spécificités. Merci en particulier à Laurence pour son inépuisable bienveillance, prodiguée avec générosité. Merci à Aurélien pour sa disponibilité et sa positivité, mot piégé s’il en est. Et enfin merci à Emmanuel pour sa capacité à prendre du recul.
Merci ensuite à tous les collègues de l’équipe de biologie des systèmes, présents ou passés, particulièrement ceux avec lesquels j’ai pu collaborer directement. Merci à Arnau pour m’avoir inoculé son souci excessif de certains détails, à Vincent pour m’avoir enseigné certaines bonnes pratiques, à Pauline pour m’avoir accueilli à l’Institut et à Lorenzo pour m’avoir supporté. Merci plus largement à tous les membres de l’équipe qui ont fait de cette thèse une période d’échanges, scientifiques ou non : Nicolas, Mihaly, Cristobal, Andrei, Urczula, Céline, Laura, Loredana, Jane, Om, Marianyela, Christine, Maria, Inna. Mention spéciale à mes collègues de bureau successifs Loïc et Jonathan pour leur humour bienvenu et pour avoir toléré le mien. Merci de la même manière aux collègues de l’équipe STAMPM, tout spécialement à Bassirou et Alessandra pour m’avoir accueilli dans leur bureau mouvant de Saint-Cloud, mais aussi Christophe et Xavier (à nouveau) pour leur écoute et leurs conseils. Merci aux autres membres de l’U900, avec une pensée particulière pour Caroline, Kati et Yasmina dont le sens de l’organisation a contribué à me faciliter la vie.
Merci également à tous ces collègues inconnus qui partagent librement connaissances, tutoriels, code informatique ou modèles typographiques. Ils forment une communauté virtuelle à l’impact bien réel.
Merci aussi à ceux qui ont contribué à orienter mon parcours au fil des années, de Polytechnique à la biologie computationnelle. Je pense notamment à François et Fred chez Novadiscovery ainsi qu’à Vassily et Misko à l’EPFL.
De manière toujours plus personnelle, je me dois aussi de remercier tous les amis qui ont fait de ces trois années un voyage agréable. Au sein de l’Institut tout d’abord, pour quelques repas avec Élise et Anne, au Collège des Ingénieurs, pour des discussions intellectuellement variées et rafraichissantes. Merci ensuite à tous ces amis, connus à Saint-Étienne, Lyon, Palaiseau, Paris ou Lausanne, que se reconnaitront sans qu’il soit nécessaire de tous les nommer exhaustivement. Mention spéciale à Guillaume, Laurent, Reda, Michaël, Pierre, Etienne, Florian et Amélie pour m’avoir aidé ou réjoui plus souvent qu’à leur tour.
Une grande partie de la gratitude restante à ce stade revient à ma famille pour son soutien sans faille. Merci à mes parents, frère, soeur et grand-mère pour m’avoir accompagné tout au long de mes études de leur curiosité et de leur fierté, autant de vent dans mes voiles sans lequel je n’aurais pas tant avancé. Merci tout spécialement à mes parents, je dois à votre tranquille mais tenace confiance de n’avoir jamais douté de ma capacité à choisir ma voie et à la tracer avec succès.
Enfin merci à Honorine pour tout le reste, c’est à dire pour l’essentiel. Si "on ne possède d’un être que ce qu’on change en lui"1, ne doute jamais qu’une large portion de ce travail t'appartient. Son auteur quant à lui ne s’appartient déjà plus tout à fait…
André Malraux, La condition humaine↩